He leído muchos tutoriales sobre como instalar nginx y php-fpm.
Sigo usando apache2 más que nada debido por la facilidad del archivo .htaccess que permite hacer uso de mod_rewrite y proteger las rutas con un password (así como usar otros módulos como mod_svn, etc)

No he encontrado una manera 100% transparente como ngninx, pero detallo lo que uso para trabajar con php-fpm y apache2. Pasos en debian:

• echo "deb http://packages.dotdeb.org stable all" >> /etc/apt/sources.list
• apt-get update
• apt-get install libapache2-mod-fastcgi apache2-mpm-worker php5-fpm php5-common php5-cli
• hacer todo los apt-get de todos los módulos php5-* que quieras
• Agregar lo siguiente a un nuevo archivo: /etc/apache2/mods-enabled/fpm.load

  AddType application/x-httpd-fastphp5 .php .phtml
  Action application/x-httpd-fastphp5 /fast-cgi-fake-handler

• en /etc/php5/fpm/pool.d/www.conf cambiar:

  listen = 127.0.0.1:9000

  por:

  ; listen = 127.0.0.1:9000
   listen = /var/run/php-fpm.socket

  Esto habilitará el socket de unix que debe ser más eficiente

• /etc/init.d/php-fpm restart
• /etc/init.d/apache2 restart

Con esto podrás usar php-fpm a través de una url “ficticia”: /fast-cgi-fake-handler si quieres cambiar tu archivo /etc/apache2/sites-enabled/000-default se vería de esta manera:

FastCGIExternalServer /var/www/fast-cgi-fake-handler -socket /var/run/php-fpm.socket
DocumentRoot /var/www

El sistema cambiará la url /index.php por: /fast-cgi-fake-handler/index.php que será enviada a php-fpm mediante fastcgi

Esto tiene dos problemas:

1. Necesitas especificar FastCGIExternalServer de la forma ${DOCUMENT_ROOT}/fast-cgi-fake-handler en todos tus hosts virtuales para que funcione
2. Zend framework y otros que utilicen el patron de consumir cualquier url y pasársela a un script index.php no funcionarán porque generarán un ciclo infinito; pero hay una solución sencilla en tu código .htaccess escribe después de RewriteEngine On:

   RewriteRule ^fast-cgi-fake-handler/ - [L,NC]

   Esto evitará procesar todas las ligas que contengan “fast-cgi-fake-handler” como su inicio; o claro puedes usar RewriteCond para evitar esto.